新一轮审核评估注重部省两级上下联动、协同配合、形成合力，推动高质量教育体系建设。
一是评估规划相衔接。教育部制定全国新一轮审核评估总体规划，统筹安排部省两级参评高校五年评估数量与结构。制定中央部委高校、第一类参评高校年度评估计划，配合省级教育行政部门制定地方试点高校年度评估计划。省级教育行政部门依据《方案》和国家总体规划要求，结合实际情况制定本地区5年审核评估实施方案、总体规划及试点方案，报教育部备案。
二是工作机制相协同。教育部与省级教育行政部门及评估机构建立工作交流机制，及时就评估重点难点热点问题对话协商，及时解决疑点、疏通堵点。教育部通过指导地方开展第二类审核评估试点、邀请参与评估观摩等，提高省级评估组织工作的规范性和管理水平。省级教育行政部门通过推荐高校参加试点工作，试点先行，打造新一轮审核评估示范“样板间”，保障部省两级评估质量实质等效。三是评估标准相统一。教育部为高校提供了两类四种“评估套餐”，鼓励高校办出特色、办出水平。省级教育行政部门在教育部颁布的评估方案及指标体系基础上，制订符合本地高校实际和特点的评估实施方案，推动高校准确定位、特色发展。