新一轮审核评估实行部省分级负责、协同推进的制度。教育部负责制定审核评估政策、总体规划，统筹协调、指导监督各地各校审核评估工作。委托教育部高等教育教学评估中心具体组织实施中央部门所属高校第一、二类审核评估和地方高校第一类审核评估工作。省级教育行政部门依据国家有关规定和要求，结合实际，负责制订本地区审核评估实施方案、总体规划，报教育部备案。组织所属高校第二类审核评估及推荐高校参加第一类审核评估工作。选取1—2所高校委托教育部评估中心指导开展第二类审核评估试点，为全面推开本地区审核评估工作做好示范。
为强化部省协同，保障评估工作实质等效，教育部高等教育教学评估中心制订专家管理办法，建设全国统一、开放共享的专家库，建立专家组织推荐、专业培训、持证入库、随机遴选、异地选派及淘汰退出机制。部省两级教育行政部门负责组织实施或委托教育评估机构组织实施的本科教学工作合格评估、本科教育教学审核评估等，专家选派和使用原则上从专家库提取。